Долина Телецкого озера в значительной степени отличается по климату от остальной территории Алтая. Благодаря тому, что
Телецкое озеро имеет большое зеркало воды, континентальный климат в ближайшем окружении озера мягче, нет столь резких скачков температуры в межсезонье или в течение дня. В то же время, из-за большой протяженности озера (78 км) могут возникать такие ситуации, когда температура на севере и юге в одно и то же время отличается до 10 градусов Цельсия. Синоптики утверждают, что из-за окружения горами, особенностей рельефа местности, отрицательные температуры могут краткосрочно возникать даже летними ночами, однако уже утром температура повышается до комфортной.
Еще одной отличительной особенностью Телецкой долины является то, что погода здесь меняется очень стремительно. Связано подобное явление с активным перемещением воздушных масс, поскольку они устремляются в расщелины и стыки гребных хребтов. Этот ветер называются «фён», он возникает высокого в горах и мягко спускается в долины, принося с собой влагу и прохладу в летние дни. Если воздушные массы движутся высоко, они чаще всего обеспечивают приятную погоду для прогулки, особенно в летний зной. Если же воздушные холодные массы опускаются вниз долины с севера, могут возникать резкие порывы ветра, шквальный дождь и шторм на поверхности Телецкого озера. Однако длительность таких капризов природы обычно не превышает нескольких часов.